(1) избор опреме.Постоје неки проблеми у избору фармацеутске опреме, као што су избор по искуству (без стварне калкулације, или недовољна калкулација података), слепа потрага за напредовањем и недовољно истраживање физичких података, што озбиљно утиче на практичност и економичност опреме.

(2) инсталација опреме и обука.У процесу уградње фармацеутске опреме често се обраћа пажња на напредак изградње, занемарујући квалитет изградње, што доводи до повећања трошкова одржавања опреме у каснијем периоду.Поред тога, неадекватна обука особља за одржавање и рад опреме такође представља ризик за управљање и одржавање фармацеутске опреме.

(3) недовољно улагање у управљање и одржавање информатизације.Данас, иако многа предузећа придају велики значај управљању и одржавању опреме, као и вођењу евиденције о одржавању опреме и евиденцији основних параметара и урадили неке, неки проблеми и даље постоје, као што је тешко обезбедити податке о наставку одржавања, недостатак ефективних информације о спецификацији фармацеутске опреме, као што су спецификације, цртежи, итд., овај невидљиви је повећао потешкоће у управљању опремом, одржавању и реконструкцији.

(4) систем управљања.Недостатак ефикасног система управљања и метода, што резултира недостатком управљања особљем за одржавање фармацеутске опреме, недостатак стандардизације рада особља за одржавање, управљање фармацеутском опремом и процес одржавања остављајући сигурносне скривене опасности.