(1) избор опреме. Постоје неки проблеми при избору фармацеутске опреме, као што су избор на основу искуства (без стварног прорачуна или недовољног прорачуна података), слепо тежњење ка напретку и недовољно испитивање физичких података, што озбиљно утиче на практичност и економичност опреме.

(2) инсталација опреме и обука. У процесу инсталације фармацеутске опреме, често се обраћа пажња на напредак изградње, занемарујући квалитет изградње, што доводи до повећања трошкова одржавања опреме у каснијем периоду. Поред тога, неадекватна обука особља за одржавање и рад опреме такође представља ризик за управљање и одржавање фармацеутске опреме.

(3) недовољна улагања у управљање и одржавање информатизације. Данас, иако многа предузећа придају велики значај управљању и одржавању опреме, као и управљању евиденцијом одржавања опреме и евидентирању основних параметара и урађеним неким стварима, неки проблеми и даље постоје, као што су тешкоћа у пружању континуираних података о одржавању, недостатак ефикасних информација о спецификацијама фармацеутске опреме, као што су спецификације, цртежи итд., што невидљиво повећава тешкоће управљања, одржавања и реконструкције опреме.

(4) систем управљања. Недостатак ефикасног система и метода управљања резултира недовољним управљањем особљем за одржавање фармацеутске опреме, недостатком стандардизације рада особља за одржавање, што оставља безбедносне опасности у управљању фармацеутском опремом и процесима одржавања.